Он вступил на Престол в ночь с 18 на 19 марта 1584 года. По отзыву англичанина Д.Флетчера, новый Царь был "росту малого, приземист и толстоват, телосложения слабого и склонен к водянке; нос у него ястребиный, поступь нетвердая от некоторой расслабленности в членах... Он прост..., но весьма любезен и хорош в обращении, тих, милостив, не имеет склонности к войне, мало способен к делам политическим и до крайности суеверен".
Государь Иоанн Грозный, передавая власть Феодору, поручил сына и государство заботам ближних бояр - И.Ф.Мстиславского, Н.Р.Захарьина-Юрьева, И.П.Шуйского и Б.Ф.Годунова. Последний из них - Борис Годунов, на сестре которого Ирине был женат Феодор Иоаннович - и стал фактическим правителем страны. "Феодор молится, а Борис управляет", - говорили злые языки. При последнем Рюриковиче свершилось великое дело на Руси - было учреждено Патриаршество. Это случилось 23 января 1589 г. Этим актом Русь окончательно заявила о себе как о наследнице Византийской империи, Третьим Римом. Промыслительно, что русский народ обрел Патриарха в канун первой смуты.
Царь скончался бездетным, пресеклась династия Рюриковичей. Когда Феодор лежал уже на смертном одре, Патриарх и бояре спросили: «Кому царство, нас, сирот, и свою царицу приказываешь?» Царь ответил тихо: «Во всем царстве и в вас волен Бог: как Ему угодно - так и будет; и в царице мой Бог волен, как ей жить, и об этом у нас уложено».
А.Д.Нечволодов пишет: «Народ, услышав весть о смерти Государя, толпами шел в Кремль; все выражали свою глубокую скорбь, и многие горько рыдали. Феодор Иоаннович был последним Царем из дома Рюрика, давшего столько великих Государей Русской Земле. Непомерное напряжение всех сил на пользу Родине, которое служило отличительной их чертой на протяжении веков, по-видимому, привело в его лице царский род к истощению».
В народном сознании Царь Феодор Иоаннович оставил по себе добрую память как боголюбивый и милостивый Государь.