Богданов был уволен в связи с массовым убийством в станице Кущевская в ноябре 2010 года. Служебная проверка, которую в Краснодарском крае начали вскоре после убийства 12 человек в Кущевской, выявила, что Богданов не принимал соответствующих мер по пресечению деятельности организованной преступности в станице Кущевская. Также Богданову вменяли в вину тот факт, что он не пресек работу своего подчиненного Александра Ходыча, который в настоящее время находится под следствием по подозрению в вымогательстве. Ходыч был назначен начальником отдела центра противодействия экстремизму по станице Кущевская по ходатайству Богданова.
Богданов в феврале 2011 года решение о своей отставке обжаловал. Как он утверждал, представление о неполном служебном соответствии вынесено быть не могло, так как деятельность ОПГ в Кущевской не является экстремизмом. Допущенные Ходычем нарушения также не могут быть основанием для отставки Богданова, утверждал милиционер, так как они были совершены в период с 2005 по 2008 года, и по ним истек срок давности для дисциплинарного взыскания.
Ранее стало известно, что двое судей, отстраненных от исполнения своих обязанностей в связи с Кущевской, добились восстановления в должностях. Квалификационная коллегия также объясняла свое решение тем, что судьи регулярно необоснованно отказывались принимать жалобы местных жителей на членов банды Сергея Цапка. По данным газеты «Коммерсантъ», Манило, оспаривая решение Квалификационной коллегии, говорил, что отклонял жалобы граждан исключительно из-за того, что они были составлены с нарушениями Уголовно-процессуального кодекса РФ.
Напомним, что убийство в Кущевской 5 ноября 2010 года привлекло общественное внимание к ситуации с преступностью в регионе. Вскоре выяснилось, что бандиты фактически безнаказанно действовали в станице с 1990-х годов. Бандиты наладили связи с местными правоохранительными органами и чиновниками.