Постригшись с именем Никона, он предался суровым подвигам благочестия. Со временем переселившись в Кожеозерский Богоявленский монастырь, он был избран там игуменом. Будучи тремя годами позже в Москве по монастырским делам, Никон впервые встретился с Царем Алексеем Михайловичем. Величественная наружность игумена, его умные речи и широкое образование произвели на молодого, искренне прилежавшего Церкви Государя неизгладимое впечатление. С того времени началось их сближение, перешедшее вскоре в тесную дружбу.
В 1648 г. Никон стал митрополитом Новгородским. На втором году его архиерейства в городе вспыхнул бунт, и Владыка бесстрашно вышел к мятежникам, вразумляя бунтовавших сперва кротко, а затем со всей силой митрополичьей власти и архипастырского дерзновения. Чернь избила его до полусмерти. Очнувшись, Никон собрал последние силы, отслужил литургию в Софийском соборе и Крестным ходом пошел на бунтующих. Пораженные его твердостью, они смирились, просили прощения и ходатайства Никона перед Царем.
А вскоре Никон был избран на Патриарший престол. "Тесная дружба соединяла Никона с царем. Вместе молились они, рассуждали о делах, садились за трапезу. Патриарх был восприемником детей царских. Ни одно государственное дело не решалось без участия Никона. Великий ум последнего отпечатлен на счастливых годах царствования Алексея", - писал церковный историк Н.Д.Тальберг, осмысливая роль Патриарха Никона.
Однако в 1658 г. произошел разрыв теплых отношений Патриарха с Царем. Никон отрекся от патриаршей власти и уехал под Москву в основанный им Воскресенский монастырь. В 1664 г. Никон неожиданно вернулся в Москву, но был отослан приказом Алексея Михайловича обратно. Церковный собор в 1666 г. обвинил опального Патриарха в произнесении хулы на Царя, жестокости, вмешательстве в не принадлежащие ему по сану дела и, подтвердив проведенные им церковные реформы, снял с него сан Патриарха, сослав в Ферапонтов и Кирилло-Белозерский монастыри. После кончины Государя, по приказу нового Царя Феодора Алексеевича Никон получил возможность вернуться в Москву, но по дороге туда отошел ко Господу 17 августа 1681 года.
Царь Феодор участвуя в погребении, сам на плечах своих нес гроб с телом Патриарха Никона, а после, незадолго до собственной кончины, испросил усопшему разрешительные грамоты четырех Патриархов, восстанавливавшие Никона в патриаршем достоинстве и признававшие церковные его заслуги...
Седьмой Патриарх Русской Православной Церкви Никон по сей день остается одной из самых загадочных фигур Русской истории. Недолгие шесть лет его патриаршества оставили глубокий след в русском Православии. Имя Патриарха Никона чаще упоминается в связи с расколом в Русской Церкви, в результате которого образовалось старообрядчество. Менее известны другие стороны его деятельности. Так, именно Никон способствовал заключению договора 1654 года о воссоединении Левобережной Украины с Россией. Иерарх мыслил Россию как центр мирового Православия. Ново-Иерусалимский монастырь, построенный им на реке Истра, воссоздал образ Святой Земли с ее главными реликвиями - Храмом Гроба Господня, Гефсиманским садом, рекой Иордан. Никон был низложен в 1667 году за конфликт с властями и пробыл в ссылке 15 лет. Через год после кончины опального Патриарха в Москву была доставлена грамота глав Восточных Церквей о его "реабилитации".
Между тем, выдающийся русский богослов митрополит Антоний (Храповицкий) считал Патриарха Никона самым значительным человеком в Русской истории. Именно Никон является идеологом воссоздания Православной Цивилизации как субъекта мировой истории и политики, лидером которой является Россия. При этом, как считают некоторые историки Церкви, именно антицерковные круги, а не Патриарх Никон были виновны в церковном расколе XVII века. Так, выдающийся русский церковный историк митрополит Макарий (Булгаков) считал, что, если бы Никон не был бы низложен, то раскола бы и не произошло.
"Державные заслуги Первосвятителя велики и несомненны. Он сыграл чуть ли не решающую роль в деле присоединения Малороссии, благословил Царя на войну с Польшей ради воссоединения Русских земель. "Отец и богомолец" царский, "великий государь, святейший Никон, Патриарх Московский и всея Руси" стал ярчайшим и авторитетнейшим выразителем русского взгляда на "симфонию властей" - основополагающую идею православной государственности, утверждающую понимание власти духовной и светской как самостоятельных религиозных служений, церковных послушаний, призванных взаимными гармоничными усилиями управить "народ Божий" во благонравии и покое, необходимых для спасения души", - писал о Патриархе Никоне митрополит Иоанн (Снычев).