19 января 1894 года на праздник Богоявления святитель Феофан мирно почил в Вышенской обители, проведя там 28 лет, из них 22 года в строгом затворе. В затворе святитель занимался молитвенным деланием, здесь же были написаны известные нравоучительные, истолковательные и переводные творения святителя. Период затвора - один из самых сокровенных в жизни вышенского подвижника, ведомый Единому Господу. По своему смирению святитель писал, что на Выше он находится не «в затворе, а в запоре»...
По словам известного исследователя духовного наследия святителя Феофана о. Георгия (Тертышникова), «время затвора - важнейший период, можно сказать, центр жизни преосвященного Феофана, ибо именно тогда по преимуществу явились во всей силе его великие труды и подвиги...»
«Преблаженную» Вышенскую обитель святитель Феофан впервые увидел в начале 1860-х годов, когда был правящим епископом на Тамбовской кафедре. Сердцем ощутил он разлитую здесь благодать и полюбил уединенную тихую обитель, величественную неприступную красоту окружающей природы. В 1862 году, назначая на Вышу настоятелем игумена Аркадия (Честонова), он пророчески произнес: «Поезжайте, а потом и я к Вам приеду; заживем опять вместе».
Сам святитель всегда стремился к уединению. Известно, что решение об увольнении на покой вынашивалось долго. Как отмечал сам святитель: «Имею в мысли служить Церкви Божией, только иным образом служить». По собственному прошению 17 июля 1866 года он был освобожден от управления Владимирской епархией с назначением настоятелем Вышенской пустыни. Из Владимира на Вышу святитель выехал 28 июля и прибыл 3 августа 1866года. В одном из писем он писал о своем первом впечатлении: «По всему Выша - преутешительная и преблаженная обитель!»
В сентябре того же года святитель подал прошение об увольнении от многозаботливой деятельности настоятеля, которое было удовлетворено 19 сентября 1866 года. По свидетельству одного из современников, «для него настала жизнь без хлопот, жизнь для ученых трудов и молитвы. В первое же время пребывания своего в пустыни преосвященный Феофан говорил игумену Аркадию: «Я намерен испытать себя в подвигах иночества; буду ежедневно ходить в церковь ко всем братским службам, а потом скажу, что со мною». Пять месяцев продолжалось это испытание. По воспоминаниям братии, «придет он, бывало, в церковь, сотворит уставные поклоны, станет в алтаре на определенном месте в струнку, "не распуская членов", и начинает молиться. Он творит то редкие поясные поклоны, касаясь рукою пола, то вдруг зачастит, делая обыкновенные малые поклоны, то совсем прекратит те и другие». Все это он совершал благоговейно, сосредоточенно и большею частию с закрытыми глазами, что, по его собственным словам, «способствовало собранности всех чувств, внутрь пребыванию; стоянию умом и сердцем пред Господом». В таком состоянии молитвенного безмолвия Владыка оставался иногда подолгу, и только непрестанное перебирание четок свидетельствовало, что он умно не переставал произносить слова молитвы Иисусовой и в это время».
Первоначально святитель Феофан поселился в настоятельских кельях, однако помещение это оказалось очень тесным из-за его обширной библиотеки. Тогда настоятель Вышенской пустыни и одновременно ученик святителя о. Аркадий (Честонов) решил построить для него отдельные кельи. Зимой 1866 года он приступил к постройке над каменной просфорней второго деревянного этажа. Помещение для владыки Феофана вышло просторное и вполне удобное. Сначала святитель не уединялся полностью, но потом окончательно ушел в полный затвор, перестав принимать посетителей.
В первое время затвора редко, в хорошую погоду весною и летом, святитель Феофан выходил погулять в лес. Такие прогулки чередовались с еще более редким катанием на лошади в легком экипаже в сопровождении келейника. Зимою и летом святитель ежедневно гулял по балкону, пристроенному к покоям с северной стороны. Этот балкон тянулся во всю длину здания и от посторонних глаз был защищен резною решеткой, выпиленной самим Затворником.
В кельях святителя был всегда свежий воздух, одевался он чисто и тепло, стол имел простой, но не скудный. Занятия умственные и работы физические совершались в определенное время. Этот порядок, заведенный самим святителем, способствовал его плодотворной работе.
Описание кельи святителя сохранилось в статье неизвестного автора «В келье затворника», опубликованной в апреле 1894 года в журнале «Душеполезное чтение». Уникальность этих воспоминаний в том, что они написаны сразу после кончины святителя, когда в его покоях проводился разбор вещей. Вся обстановка в келье в то время была полностью сохранна. «Стены деревянные, без обоев, несколько потемневшие от времени. Мебель и вся обстановка до последней крайности простые и ветхие. Шкаф с угольником из простого дерева, оцененный в один рубль... Комод - в два рубля... Простой стол, ветхий... Складной аналой, ветхий... Железная кровать, складная, ценою в один рубль... Диваны березового дерева, с жестяными сидениями - все ценою три рубля серебром... Все остальное в таком же роде....»
Как признавался в одном из писем святитель Феофан, «праздность - злая товарка». В его келье было много вещей, которые свидетельствовали о разносторонних занятиях святителя: два ящика с инструментами, токарными, столярными, переплетными, палитра для красок и кисти. Фотографический аппарат, станок для выпиливания из дерева, верстак, токарные станки. Телескоп. Два микроскопа, анатомический атлас, шесть атласов географии общей, церковной и библейской. В келье находилась одна из богатейших частных библиотек того времени, а также иконы, написанные самим святителем Феофаном: Распятие, Воскресение Христово, Снятие со креста, Спаситель в терновом венце, Богоявление, иконы святителя Тихона Задонского, Митрофания Воронежского, свв. Антония и Феодосия Киево-Печерских, св. Александра Невского и др.
В дар своим духовным детям святитель любил посылать небольшие вещицы, сделанные своими руками, сопровождая такие подарки назидательными напутствиями: «С праздниками прошедшими и наступившим Новым годом поздравляю. Виноват, что долго не отвечал. Леность обуяла. А тут пришла охота сработать что-нибудь. Из работ - все точенье - маленький подсвечник тому, кто должен больше всех молиться; солонка кормилице - матушке; свеча неугасимая (скрывающая игольник) и открытый игольник красавицам, которых долг работать без просыпу».
Очень часто святитель отправлял книгорезки собственного производства: «Влагаю и две книгорезки (деревянные ножи собственного точения): одну для супруги вашей, а другую для вас. Книги делать трудновато, а книгорезки (точить на токарном станке) очень легко. Вот и собираюсь первое заменить вторым».
Время затвора явилось самым плодотворным этапом его деятельности как духовного писателя и богослова. На Выше были написаны известные нравоучительные, истолковательные и переводные творения святителя. Одним из важнейших творений святителя являются труды по изъяснения Слова Божия, которые стали значительным вкладом в русскую библеистику: толкование Посланий апостола Павла, толкования на 33-й, 118-й псалом, толкование Шестопсалмия. В период затвора были подготовлены основные переводные сочинения: «Добротолюбие», «Невидимая брань», «Древние иноческие уставы» и др.
За эти труды все духовные академии Русской Православной Церкви и Берлинское братство избрали святителя Феофана своим почетным членом, а Петербургская присвоила ему в 1890 года звание доктора богословия.
Кроме научных занятий, святитель в затворе вел обширную переписку. Ежедневно ему приходило от двадцати до сорока писем, на которые он сам писал подробные ответы. Святитель чутко улавливал духовные потребности адресата, обстоятельно разъяснял все вопросы и недоумения. Живо реагировал на события, которые происходили в церковной и общественной жизни, обсуждал вопросы перевода Библии на современный русский язык, события Русско-турецкой войны 1877-1878 годов и др.
В последние годы святитель готовился принять схиму и сам сшил схимническое облачение. Но Господь судил иначе. Святитель Феофан почил после Божественной литургии на праздник Богоявления Господня 6/19 января 1894 года.
Сейчас мощи святителя Феофана, которым приезжает поклониться все больше и больше паломников, находятся в Казанском соборе Успенского Вышенского монастыря.
В восстановленных кельях святителя Феофана в июне 2011 года освящена домовая церковка святителя и открыт музей. Здесь, как ни в каком другом месте, можно соприкоснуться с сокровенной тайной затвора.
В преддверии юбилея - 200-летия со дня рождения святителя Феофана, Затворника Вышенского, который по благословению Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла будет отмечаться в 2015 году на общецерковном уровне, Выша приобретает тот вид, который был так дорог святителю. О своей любимой обители он писал, что ее «можно променять только на Царство Небесное».
