Данное решение, как отмечается в указе, обусловлено «необходимостью становления религиозного образования в Санкт-Петербургской митрополии, более четкого и ответственного взаимодействия с комитетами по образованию Санкт-Петербурга и Ленинградской области, развития форм катехизации воскресных и приходских школ». В своей деятельности Отдел будет тесно сотрудничать с Отделом религиозного образования и катехизации Русской Православной Церкви.
С 1996 г, при образовании отдела его возглавлял клирик Спасо-Парголовского храма, кандидат богословия, протоиерей Александр Зелененко.