По словам игумена, в конце июня 2008 года представители различных неопротестантских сект Коми выступили с открытым обращением к президенту республики Владимиру Торлопову и председателю комиссии по межнациональным отношениям и свободе совести Общественной палаты России Николаю Сванидзе по поводу навязывания республиканским школам предмета "Основы православной культуры" (ОПК). Обращение подписали более тысячи евангелистов, баптистов и неопятидесятников. Поводом послужили соглашения епархии и Министерства образования и высшей школы Коми о введении ОПК в общеобразовательных, профессиональных средних и высших учебных заведениях региона.
"К сожалению, организаторам обращения направленного против епархии удалось убедить руководителей мусульманской общины Коми, в том, что "внедрение предмета ОПК создает угрозу для разжигания межрелигиозной розни", - отметил о. Филипп. По его мнению, сегодня не только в Коми, но и по всей России предпринимаются невежественные, неуклюжие попытки поссорить православных христиан и мусульман, разобщить тех, кто веками жили в мире и согласии. Отец Филипп также пояснил, что духовенство Сыктывкарской епархии и Министерство образования и высшей школы Коми действуют строго в рамках закона "О свободе совести и религиозных объединениях".