В эмиграции во взглядах Тихомирова произошел перелом, он раскаялся в содеянном. В 1888 г. Тихомиров выпустил в Париже брошюру "Почему я перестал быть революционером?" и подал Александру III прошение с просьбой о помиловании. Тихомиров был прощен, вернувшись на родину, первым делом побывал на могиле убиенного народовольцами Царя. В 1890 г. он был освобожден из-под надзора полиции, поселился в Москве, занялся литературным трудом. Тихомиров стал штатным сотрудником крупнейшей консервативной газеты "Московские ведомости", сотрудничал в журналах "Русский вестник" и "Русское обозрение". Опубликовал ряд работ по монархической идеологии, наиболее значимые из них: "Начала и концы. Либералы и террористы" (1890), "Социальные миражи современности" (1891), "Борьба века" (1895), "Знамение времени - носитель идеала" (1895), "Единоличная власть как принцип государственного строения" (1897), "Рабочий вопрос и русские идеалы" (1902), "Запросы жизни и наше церковное управление" (1903) и др.
Но самой главной работой Тихомирова стал фундаментальный труд "Монархическая государственность" (1905). Он первый обстоятельно исследовал феномен Самодержавия и Русского Самодержавия в частности. Тихомиров утверждал, что выбор принципа верховной власти зависит от нравственно-психологического состояния нации, от тех идеалов, которые формируют мировоззрение нации. Если "в нации жив и силен некоторый всеобъемлющий идеал нравственности, всех во всем приводящий к готовности добровольного себе подчинения, то появляется Монархия, ибо при этом для верховного господства нравственного идеала не требуется действие силы физической (демократической), не требуется искание и истолкование этого идеала (аристократия), а нужно только наилучшее его выражение, к чему способнее всего отдельная личность как существо нравственно разумное, и эта личность должна лишь быть поставлена в полную независимость от всяких внешних влияний". За этот труд Тихомиров удостоился Высочайшей благодарности и памятной награды от Царя.
В смутное время 1905-07 гг. Тихомиров принимал участие в монархическом движении, выступал с докладами в Русском Монархическом Собрании, на 2-м Всероссийском монархическом съезде в Москве весной 1906 г. Поддерживал деятельность главы правительства П.А.Столыпина, по приглашению которого вошел в состав Совета министра внутренних дел как знаток рабочего вопроса. В 1909 г. после кончины редактора-издателя "Московских ведомостей" профессора А.С.Будиловича стал редактором газеты, пытался превратить ее в рупор здоровых консервативных идей. Редактировал газету до 1913 г., после чего отошел от публицистической деятельности и поселился в Сергиевом Посаде, где и умер. Здесь он вернулся к религиозно-философским исследованиям, работая в последние годы жизни над вторым фундаментальным трудом "Религиозно-философские основы истории", который был издан только в конце ХХ в. Сын Тихомирова получил духовное образование и стал епископом.
Русская линия