После революции служил в сане протоиерея в Петрограде, преподавал в Петроградском Богословском институте (ПБИ), одновременно руководил миссионерским кружком, после закрытия ПБИ преподавал на Высших богословских курсах. В 1927 г. арестован, узник Соловецкого лагеря (1927-1930). В лагере работал конторщиком (подшивал бумаги). По воспоминаниям писателя О.В. Волкова, отбывавшего заключение в том же лагере, о. Митроцкий являлся на Соловках человеком почти легендарным. "Ни десятилетний срок, ни пройденные испытания не отучили отца Михаила радоваться жизни. Эта его расположенность - видеть ее доброе начало - передавалась и его собеседникам: возле него жизнь и впрямь казалась светлее". Удивлял заключенных своим смирением, по-детски непосредственной верой. "Думаю, настало время, - говорил о. Михаил, - когда Русской Православной Церкви нужны исповедники. Через них она очистится и прославится. В этом Промысл Божий. Ниспосланное испытание укрепит веру. Слабые и малодушные отпадут. Зато те, кто останется, будут ее опорой, какой были мученики первых веков". 31 декабря 1929 г. перевезен из Соловецкого лагеря в Ленинград для дополнительного дознания о его "контрреволюционной деятельности" (привлечен к т.н. "делу Академии Наук"). 10 мая 1931 г. приговорен к расстрелу, замененному 10 годами заключения, снова отправлен на Соловки. Далее сведения об о. Михаиле теряются. Известно лишь, что в 1937 г. он проживал у брата священника А.В. Митроцкого в с. Домкино Фировского района Калининской области. В августе 1937 г. был в очередной раз арестован, областная тройка УНКВД 29 сентября 1937 г. приговорила о. Михаила к расстрелу "за антисоветскую агитацию". Вскоре был расстрелян и его брат.
После революции служил в сане протоиерея в Петрограде, преподавал в Петроградском Богословском институте (ПБИ), одновременно руководил миссионерским кружком, после закрытия ПБИ преподавал на Высших богословских курсах. В 1927 г. арестован, узник Соловецкого лагеря (1927-1930). В лагере работал конторщиком (подшивал бумаги). По воспоминаниям писателя О.В. Волкова, отбывавшего заключение в том же лагере, о. Митроцкий являлся на Соловках человеком почти легендарным. "Ни десятилетний срок, ни пройденные испытания не отучили отца Михаила радоваться жизни. Эта его расположенность - видеть ее доброе начало - передавалась и его собеседникам: возле него жизнь и впрямь казалась светлее". Удивлял заключенных своим смирением, по-детски непосредственной верой. "Думаю, настало время, - говорил о. Михаил, - когда Русской Православной Церкви нужны исповедники. Через них она очистится и прославится. В этом Промысл Божий. Ниспосланное испытание укрепит веру. Слабые и малодушные отпадут. Зато те, кто останется, будут ее опорой, какой были мученики первых веков". 31 декабря 1929 г. перевезен из Соловецкого лагеря в Ленинград для дополнительного дознания о его "контрреволюционной деятельности" (привлечен к т.н. "делу Академии Наук"). 10 мая 1931 г. приговорен к расстрелу, замененному 10 годами заключения, снова отправлен на Соловки. Далее сведения об о. Михаиле теряются. Известно лишь, что в 1937 г. он проживал у брата священника А.В. Митроцкого в с. Домкино Фировского района Калининской области. В августе 1937 г. был в очередной раз арестован, областная тройка УНКВД 29 сентября 1937 г. приговорила о. Михаила к расстрелу "за антисоветскую агитацию". Вскоре был расстрелян и его брат.