В состав Исторической подкомиссии, которую возглавляет Митрополит Воронежский и Липецкий Мефодий, вошли: Президент РАН Ю.С. Осипов, игумен Иоанн (Экономцев) - председатель Отдела религиозного образования и катехизации Московского Патриархата, протоиерей Владимир Диваков - заведующий канцелярией Московской Патриархии. Председателем подкомиссии была образована рабочая группа, которая призвана координировать текущую деятельность подкомиссии, ее издательскую деятельность, принимать участие в подготовке заседаний, встреч и научных конференций. В нее входят ученые, представители отечественной исторической науки: академической и церковной. Это Я.Н. Щапов - член-корреспондент РАН, председатель Научного совета РАН "Роль религий в истории"; А.О.Чубарьян - член-корреспондент РАН, директор Института всеобщей истории РАН; С.Л. Кравец - руководитель Церковно-научного центра "Православная энциклопедия"; М.М. Громыко - профессор, доктор исторических наук (Институт этнологии и антропологии РАН), другие исследователи. Они выразили искреннее желание сотрудничать с Исторической подкомиссией, поскольку занимаются вопросами церковной истории.
Об этих насущных для Церкви и науки проблемах взаимодействия емко и динамично сказал Святейший Патриарх Московский и всея Руси АЛЕКСИЙ II в своем приветствии участникам научной конференции "Религии мира на рубеже ХХ-ХХI веков" (8-11.12.1998) - первом совместном мероприятии Исторической подкомиссии и научной общественности: "Трагический опыт ХХ века свидетельствует о том, что атеизм в виде прямого богоотрицания является лишь передовым отрядом бесчисленного богоборческого воинства: от возрожденных оккультизма и астрологии до неоязыческих и сатанинских сект. Однако опыт ХХ века показал также и невозможность для атеизма истребить веру и Церковь, которая устояла против начальств, против властей, против мироправителей тьмы века сего (Еф. 6, 12). Этот бесценный духовный опыт нам предстоит исследовать, осмысляя его не только феноменологически ("здесь и сейчас"), но и в контексте всей святоотеческой традиции. Нам важны как конкретные исторические исследования, так и осмысление методологических проблем, понимание задач христианского просвещения в новых условиях жесточайшего противостояния традиционных религий и разнообразных современных псевдорелигиозных течений. Задача науки - просветить разум, задача Церкви - пробудить и вооружить душу, вместе же наука и Церковь объединяются для того, чтобы спасти человека... Для русской науки, особенно гуманитарной, характерна воцерковленность. Истоками своими уходящая в исполненные молитвой кельи древних русских монастырей, русская наука и в XIX веке сохранила свою неразрывную связь с Церковью: достаточно вспомнить протоиерея Александра Васильевича Горского и Капитона Ивановича Невоструева, профессора Василия Васильевича Болотова и епископа Порфирия (Успенского), митрополита Макария (Булгакова) и профессора Евгения Евсигнеевича Голубинского, святителя Филарета, митрополита Московского, и священника Павла Флоренского. Эти имена составляют гордость Русской Церкви и русской науки. В послереволюционные десятилетия, когда были закрыты все духовные учебные заведения, когда был истреблен цвет церковной науки, преемственность была сохранена благодаря подвижническим трудам православных светских ученых. Достаточно вспомнить имена филолога и философа Алексея Федоровича Лосева, историка Александра Ивановича Рогова, археолога Марфы Вячеславовны Щепкиной и многих других. Благодаря им мы ныне имеем возможность возродить русскую церковную науку".
Историческая подкомиссия организовала свою работу по двум направлениям: с научной общественностью и с представителями церковной науки. Соответственно, в конце 1999 г. были проведены две встречи-заседания подкомиссии: в Президиуме Российской Академии Наук (11.11.1998 г.) и в Церковно-научном центре "Православная энциклопедия" (12.12.1998 г.). Среди их участников были: Осипов Юрий Сергеевич - Президент РАН, член Исторической подкомиссии Юбилейной комиссии по подготовке и проведению празднования 2000-летия Рождества Христова; Чубарьян Александр Оганович - директор Института всеобщей истории РАН, член-корреспондент РАН, президент российского общества историков-архивистов; Щапов Ярослав Николаевич - член-корреспондент РАН, председатель Научного совета РАН "Роль религий в истории"; Кравец Сергей Леонидович - руководитель ЦНЦ "Православная энциклопедия"; Клосс Борис Михайлович – доктор исторических наук, ведущий научный сотрудник Института российской истории РАН, автор книги "Текстологический анализ Жития преподобного Сергия"; Синицына Нина Михайловна - доктор исторических наук, ведущий научный сотрудник Института российской истории РАН, автор книги "Москва - Третий Рим"; Чичуров Игорь Сергеевич - доктор исторических наук, ведущий научный сотрудник Института российской истории РАН; Курляндский Игорь Александрович - кандидат исторических наук, научный сотрудник Института российской истории РАН; Назаренко Александр Васильевич - доктор исторических наук, ведущий научный сотрудник Института российской истории РАН; Васильева Ольга Юрьевна - кандидат исторических наук, научный сотрудник Института российской истории РАН, автор монографий и исследований новейшего периода истории Русской Православной Церкви; Турилов Анатолий Аркадьевич - старший научный сотрудник Института славяноведения РАН, кандидат исторических наук; Лисовой Николай Николаевич - кандидат философских наук, Институт российской истории РАН; протоиерей Владимир Диваков - заведующий канцелярией Московской Патриархии, член Исторической подкомиссии Юбилейной комиссии по подготовке и проведению празднования 2000-летия Рождества Христова; игумен Иоанн (Экономцев) - председатель Отдела по религиозному образованию и катехизации, член Исторической подкомиссии Юбилейной комиссии по подготовке и проведению празднования 2000-летия Рождества Христова; архимандрит Макарий (Веретенников) - преподаватель МДАиС; протоиерей Владислав Цыпин - преподаватель МДАиС; игумен Андроник (Трубачев) - преподаватель МДАиС; протоиерей Борис Даниленко - руководитель Синодальной библиотеки Московской Патриархии; иеромонах Дамаскин (Орловский) - член Синодальной комиссии по канонизации святых Русской Православной Церкви; иерей Георгий Мартынов - сотрудник ЦНЦ "Православная энциклопедия"; иеромонах Никон (Каширин) - ответственный секретарь Экспертного совета фонда по премиям памяти митрополита Макария; иеромонах Митрофан (Шкурин) - пресс-секретарь Воронежско-Липецкой епархии.
Предложения представителей научной общественности и церковно-научных кругов были положены в основу работы Исторической подкомиссии.
Согласно намеченным мероприятиям, проведены две конференции (одна - о ней уже сообщалось - совместно с научным советом РАН "Роль религий в истории", вторая - в рамках VII Международных рождественских чтений "Исторический путь христианства" - совместно с Отделом религиозного образования и катехизации
Московского Патриархата). На октябрь 2000 года совместно с Институтом этнологии и антропологии РАН запланирован международный научный симпозиум "Православие и культура этноса" Намечена и реализуется издательская программа. Издается ежеквартальный научный журнал "Исторический вестник" - печатный орган подкомиссии. Вышли из печати два номера, находится в печати третий, который будет вручен лауреатам Макариевских премий в сентябре 1999 г. Среди авторов - известные светские и церковные историки, филологи, историографы, богословы, лингвисты и краеведы.
Одной из последний совместных инициатив Исторической подкомиссии, ЦНЦ "Православная энциклопедия" и директора Государственного исторического музея А.И.Шкурко стало предложение о проведении выставки, посвященной 2000-летию Рождества Христова, с размещением ее во вновь отреставрированных залах Исторического музея на Красной площади. На подготовку и организацию выставки получено благословение Его Святейшества Святейшего Патриарха Московского и всея Руси АЛЕКСИЯ II.
Очередное заседание Исторической рабочей подкомиссии намечено на октябрь 1999 года.