Едва показавшись из самолета, понтифик театральным жестом снял белую шапочку, всегда покрывающую его голову (что произвело нужный эффект на журналистов, неоднократно во время телевизионных репортажей подчеркнувших это). Девочка и мальчик, одетые в традиционные одежды, преподнесли на блюде престарелому понтифику элладскую землю для поклонения, поскольку под предлогом плохого самочувствия, Папа не захотел, согласно традиции, склониться к ней сам. Католический архиепископ в Афинах Николай преподнес Папе букет белых и желтых цветов - цветов ватиканского флага.
В 12-15, строго следуя программе, понтифик в сопровождении 10 кардиналов Католической Церкви прибыл в президентский дворец, где при входе его встречал К. Стефанопулос, президент Греции. В зале приемов между ними состоялась длительная беседа, в ходе которой Папа обратился к теме отношения христианства и культуры, упомянул о вкладе Греции в мировую культуру и о значении того, что будущие Олимпийские игры будут проходить именно в Афинах. "Корни Европы - в Греции, - сказал понтифик. - Ныне я становлюсь здесь паломником, следуя стопам апостола Павла". Президент Греции преподнес Папе символический подарок - позолоченный сувенир с изображением времен микенской культуры. Понтифик, в свою очередь, подарил г-ну Стефанопулосу мозаичную икону Ватиканской школы.
Через некоторое время в президентский дворец прибыл К. Симитис, глава правительства. Папа уделил ему особое внимание, равно как и председателю парламента Катляманису и лидеру второй большой партии в Греции К. Караманлису, которые в разговоре с понтификом отдельно подчеркнули тему Кипра и попрания прав человека на острове. Относительно этих больных не только для Греции, но и для всего культурного мира вопросов, Ватикан до сих пор воздерживается от комментариев.
После посещения представителей государственной власти понтифик направился в архиепископию, где его встречал Блаженнейший Христодул с членами Священного Синода. Иоанн Павел II - первый Римский Папа, который встретился с предстоятелем Элладской Православной Церкви.
После обмена приветствиями Папа и Архиепископ Христодул подписали "Общее сообщение", текст которого был подготовлен на внеочередном заседании Синода Элладской Церкви 27 апреля 2001 года. Это сообщение было прочитано по-гречески и по-английски при поклонении понтифика на Ареопаге.
Архиепископ Христодул обратился к Папе с речью, в которой со всей ясностью упомянул о проблемах, служащих глубоким препятствием для диалога двух Церквей. Предстоятель Элладской Церкви подчеркнул: "Православный народ Греции в своем церковном сознании и национальной памяти переживает напряженнее, чем другие православные народы, болезненный опыт прошлого. До сих пор остаются кровоточащими раны, нанесенные его цветущему телу, что общеизвестно, как губительной манией крестоносцев и латинским правлением, так и аморальной деятельностью латинской унии". Говоря о проблеме унии, Архиепископ отметил, что именно она сейчас "составляет главную причину непродуктивности богословского диалога между римо-католиками и православными". Особо Блаженнейший Христодул подчеркнул, что Ватиканом не выражено ни одного слова сочувствия поруганным братьям на Кипре, ни слова о вандализме, поругании там христианских святынь, насилии. "Примечательно, - сказал Архиепископ Папе Римскому, - что хотя апостольский остров Кипр с четвертого века стонет от варварского разделения, является жертвой жестокой национальной чистки, оплакивает сотни мертвых и пропавших без вести мучеников свободы, живет в продолжающемся вандализме и грабеже своих прекрасных христианских памятников, не было услышано хотя бы даже одного выражения сочувствия с Вашей стороны".
В ответ Папа зачитал речь, где произнес слова осуждения исторических несправедливостей по отношению к православным со стороны чад Католической Церкви. В этом отношении было сказано о потребности "очищения памяти" через прощение и стремление преодолеть имеющиеся разделения. "Католическая Церковь, - сказал понтифик, - однажды встав на путь примирения со всеми, никогда уже с него не свернет". Он обратился к позорной для Католической Церкви истории захвата Константинополя в 1204 году, крестовым походам, признавая ошибки Западной Церкви и выражая надежду, что Бог простит их. Это вызвало аплодисменты Архиепископа, которые, впрочем, почти не были поддержаны. В конце своего слова Папа сказал по-гречески: "Бог да благословит Элладу!".
Архиепископ проводил понтифика до автомобиля. В 18-30 он присутствовал при поклонении Папы на Ареопаге, а в 20-15 нанес ему ответный визит в апостольской нунциатуре.
За все время пребывания Папы в Афинах не было замечено никаких серьезных беспорядков на улицах - благодаря тому, что были предприняты строжайшие меры безопасности. Около 7 тысяч полицейских следило за порядком в городе и по пути следования Римского понтифика, не дав никакого шанса православным грекам выразить свой протест против визита Папы. На центральных улицах было перекрыто движение, что вызвало огромные сложности с перемещением. Движение возобновилось только после 11 часов следующего дня (5 мая), после прибытия Папы на аэродром для отлета в Сирию.
Покаявшись в разорении Константинополя, Иоанн Павел II полетел завоевывать новые страны.