Уроженца Эстонии Алексия II принимали на его родине вполне официально - приглашение было направлено не только митрополитом Таллинским и всея Эстонии Корнилием, но и Арнольдом Рюйтелем. Вдобавок перед визитом было объявлено, что патриарх удостоен ордена "Крест Марьямаа" I степени. В программу поездки помимо церковных служб, посещения Пюхтицкого женского монастыря и панихиды на могиле родителей Алексия II входили и деловые переговоры. Нерешенный до сих пор вопрос о возвращении Московской патриархии церковного имущества обговаривался с министром по делам регионов Яаном Ыунапуу и премьер-министром Эстонии Юханом Партсом. На встрече патриарха и премьера присутствовали и представители светской дипломатии: зампред думского комитета по международным делам Леонид Слуцкий и послы России в Таллине и Эстонии в Москве. Особо отмечалось, что патриарх разговаривал с премьером на эстонском языке. Возможно, именно возможность обойтись без переводчика помогла Алексию II добиться от официального Таллина обещания помочь урегулировать эту непростую проблему.
Идиллическую картину общения православного патриарха с властями страны, во главе которой стоит православный президент, портит лишь одно обстоятельство. Сцена официального примирения вытеснила на задний план третью заинтересованную сторону - Константинопольский патриархат, который всего за год превратился из "официальной" православной конфессии Эстонии чуть ли не в "узурпатора". Вряд ли Стокгольмский синод легко смирится с потерей своего влияния. Более того, двум церквям предстоит в ближайшие годы провести трудные переговоры о разделе имущества. Но фраза Алексия II о том, что параллельное существование двух православных церквей "возможно лишь при условии их полного равноправия", дает шанс на то, что теперь, когда обе ЭПЦ находятся в равном юридическом положении, удастся достичь какого-то компромисса.