В течение ряда лет Большаков сочетает научную работу в качестве руководителя группы, старшего научного сотрудника Института Химической физики АН СССР, в котором он прошел весь свой научный путь, с инициативной деятельностью по созданию новых организационных форм проведения научных исследований с международным участием по системе "грандов". В 1988 становится исполнительным директором Международного объединения "Форум ученых и специалистов за советско-американский диалог", имевшего свои отделения и филиалы в различных научных центрах страны. В тот же период Большаков - участник ряда советско-американских диспутов, проводимых как в СССР, так и в США Ассоциацией Молодых Политических Деятелей (АсМПД).
С 1991 главным приоритетом деятельности Большакова становится русский вопрос. Он активно участвует в подготовке Первого Конгресса соотечественников, созванного по инициативе Верховного Совета РСФСР 19-20 авг. 1991. Это была первая попытка со стороны советской власти воссоединить исковерканные большевистской революцией и последующими за ней трагедиями XX в. судьбы людей. На конгрессе Большаков избран вице-президентом Сибирского Русского Дома. Учреждение Сибирского Русского Дома состоялось в Новосибирске, куда отважились вылететь спецрейсом отдельные участники конгресса, несмотря на то, что весь центр Москвы был оцеплен танками и БТРами по причине путча, случайно совпавшего с началом работы конгресса соотечественников.
Сибирский Русский Дом стал единственной международной организацией, учрежденной в ходе конгресса и взявшей на себя обязательства продолжить это благородное начинание. Он стал первым международным объединением со словом "русский", зарегистрированным Министерством юстиции СССР и ставящим своей целью "содействие духовному, нравственному и экономическому возрождению России, защите социальных и правовых интересов соотечественников, проживающих за рубежом".
В 1992 Большаков окончательно оставляет естественно-научные исследования и переходит на работу из Академии наук в Международный Фонд славянской письменности и культуры руководителем отдела социально-богословской апологетики; в том же году он избран вице-президентом Фонда. Большаков организует на базе Сибирского Русского Дома Православное Братство во имя св. равноап. братьев Кирилла и Мефодия, духовное руководство которого берет на себя архим. Кирилл - духовник Свято-Троицкой Сергиевой лавры. В течение ряда лет Большаков избирается в состав Совета Союза Православных Братств, занимаясь развитием контактов с Сербией, Черногорией, боснийскими сербами; проблемой объединения с зарубежной церковью, подготовкой материалов для канонизации Царской Семьи и Блаженной Матроны.
Большаков - автор ряда книг по истории российской государственности, участник и организатор многих научно-исторических конференций и съездов, один из экспертов по проблеме дорасследования убийства Царской семьи и изучения екатеринбургских останков.
В 1998 Большаков один из учредителей, совместно с С. Ю. Глазьевым, А. А. Прохановым и др., и председатель исполкома Общероссийского общественного фонда помощи русским беженцам и вынужденным переселенцам "Русская община".
На основе философского обобщения собранных им исторических материалов и социологических данных в 1999 в Институте социально-политических исследований РАН Большаков защитил диссертацию на соискание ученой степени доктора философских наук по теме: "Системные кризисы российской государственности".
Большаковым созданы оригинальные курсы по русской социологии и политологии, которые он читает в Российской академии живописи, ваяния и зодчества, где возглавляет кафедру "Основы гражданственности", также является профессором кафедры "Проблем развития русского современного общества" Российского государственного университета нефти и газа им. И. М. Губкина.
1-2 июня 2001 состоялся Съезд Славянских народов Российской Федерации, Украины и Республики Беларусь. Председателем Оргкомитета был Председатель Государственной Думы РФ Г. Н. Селезнев. Большаков был заместителем Председателя и руководителем Секции съезда: "Мировоззренческий кризис и формирование объединяющей национальной идеи". В ходе работы съезда Большаков был избран в состав руководящего органа нового движения - Совета славянских народов Беларуси, России и Украины, поставившей своей целью создание из трех республик единого государства, как ядра всей восточно-славянской цивилизации.
Соч.: По закону исторического возмездия. М., 1998; Грани русской цивилизации. М., 1999; Возлюби ближнего своего. М., 2000.
Святая Русь. Большая энциклопедия русского народа. Русский патриотизм. Москва 2003 г.